Muzeum Zamojskie w Zamościu działa jako samorządowa instytucja kultury, posiada osobowość prawną, gospodarkę finansową prowadzi na warunkach ogólnych, zgodnie z Ustawą o rachunkowości. Wpisane jest do Państwowego Rejestru Muzeów pod nr 114 oraz Księgi Rejestrowej Instytucji Kultury pod nr 8/99.

Merytoryczną działalność Muzeum prowadzi w oparciu o Ustawę o muzeach, Ustawę o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej, Statut Muzeum oraz regulaminy wewnętrzne.

Muzeum prowadzi księgi rachunkowe, ewidencje osobowe, rejestry zarządzeń dyrektora,

rejestr spraw poufnych.